Une équipe dirigée par l’Université Stanford et l’Arc Institute a démontré que l’intelligence artificielle générative pouvait concevoir des génomes viraux complets et fonctionnels, selon une étude publiée le 6 août dans Science. Les essais en laboratoire ont produit seize bactériophages viables capables d’infecter et de tuer des souches de la bactérie E. coli, une avancée majeure pour l’ingénierie biologique assistée par IA. Ces phages ciblent les bactéries et n’infectent pas les humains.
Les chercheurs ont utilisé les modèles de langage génomique Evo 1 et Evo 2, qui apprennent les régularités de l’ADN comme les modèles textuels apprennent les liens entre les mots. Ils ont généré des génomes entiers en prenant comme référence le petit phage lytique PhiX174, puis sélectionné et synthétisé chimiquement un nombre limité de candidats. Seize modèles ont formé des virus fonctionnels capables de se reproduire dans les cellules bactériennes.
L’article de Science décrit une importante nouveauté évolutive parmi les phages réussis. La cryomicroscopie électronique a révélé qu’un modèle utilisait dans son enveloppe une protéine d’empaquetage de l’ADN issue d’une lignée éloignée. Plusieurs phages générés ont aussi dépassé la référence naturelle lors de compétitions de croissance ou par la rapidité avec laquelle ils détruisaient les cellules bactériennes. Ces résultats indiquent que les modèles n’ont pas seulement copié des génomes connus.
Un mélange de phages générés a également vaincu la résistance de trois souches d’E. coli qui résistaient à PhiX174, selon les auteurs. Cette observation pourrait favoriser de futures thérapies contre des infections bactériennes résistantes aux médicaments. Toutefois, l’expérience a porté sur des cultures de laboratoire et ne prouve ni la sécurité ni l’efficacité chez les patients. Un développement clinique exigerait des essais supplémentaires approfondis et un contrôle réglementaire.
Cette capacité soulève aussi des préoccupations liées au double usage, car des outils produisant des séquences biologiques utiles pourraient être détournés. L’équipe a exclu du matériel d’entraînement concerné les séquences de virus infectant les humains, les animaux et les plantes, et a limité l’expérience aux virus bactériens. Les spécialistes de biosécurité Thomas Inglesby et Moritz Hanke ont estimé, dans un commentaire associé de Science, que la gouvernance actuelle ne suffisait pas pour la génomique générative.
Les travaux avaient d’abord paru en prépublication en septembre 2025, mais leur publication évaluée par les pairs cette semaine leur confère un poids scientifique et politique nouveau. Les prochaines étapes comprennent un meilleur contrôle des hôtes ciblés et l’évaluation de candidats thérapeutiques. Les laboratoires, les entreprises de synthèse d’ADN et les gouvernements devront créer des systèmes de filtrage permettant de soutenir la recherche médicale tout en réduisant les risques d’abus.
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