Des scientifiques ont établi une vaste carte fonctionnelle du système immunitaire humain en désactivant systématiquement près de 13 000 gènes dans 22 millions de lymphocytes T CD4 primaires, puis en observant comment chaque modification changeait l'activité cellulaire. Publiée dans la revue évaluée par les pairs Cell et annoncée le 28 août, l'étude dépasse le simple relevé des séquences d'ADN pour montrer comment les gènes s'influencent dans les cellules immunitaires, selon les équipes des Gladstone Institutes, de l'Université de Californie à San Francisco et de Stanford associées à Biohub.
L'équipe a employé des cellules provenant de quatre donneurs de sang humains plutôt que de se limiter à des lignées cultivées en laboratoire. Les chercheurs ont examiné les cellules au repos et après stimulation, afin de comparer les réseaux génétiques dans plusieurs états immunitaires. Les lymphocytes T CD4 coordonnent de nombreuses réponses de défense; leurs circuits sont donc pertinents pour les infections, le cancer et les maladies auto-immunes, même si ces travaux ne constituent pas un traitement.
Pour construire la carte, les scientifiques ont combiné la perturbation génétique par CRISPR avec une forme de Perturb-seq fondée sur des sondes. Une instruction génétique neutralise un gène choisi, puis des mesures d'ARN à l'échelle de la cellule unique enregistrent les changements d'expression qui en découlent. La répétition de cette méthode à une échelle exceptionnelle a permis de relier les régulateurs aux gènes situés en aval et de bâtir des réseaux, plutôt qu'une simple liste de composants.
L'ampleur de l'étude répond à une limite majeure de la génomique: le séquençage peut associer un variant à une maladie sans expliquer sa fonction dans une cellule humaine vivante. Tester presque tous les gènes exprimés dans ces cellules T issues de donneurs apporte des indices contrôlés de cause à effet. Les données peuvent aider à hiérarchiser les mécanismes à étudier et à interpréter des variants génétiques associés aux troubles immunitaires.
Gladstone présente cet ensemble comme la plus grande contribution à ce jour au Billion Cells Project, une initiative destinée à produire des données unicellulaires pour la recherche biologique et les modèles d'intelligence artificielle. Le partenariat réunit notamment Gladstone, l'UCSF, Stanford, Biohub, l'Arc Institute, l'Innovative Genomics Institute, le Parker Institute for Cancer Immunotherapy et l'Université de Tokyo. L'article de Cell porte le DOI 10.1016/j.cell.2026.08.002.
À terme, ce cadre pourrait orienter des immunothérapies anticancéreuses plus précises ou de nouvelles pistes contre l'auto-immunité en indiquant quels interrupteurs génétiques commandent le comportement utile ou nocif des cellules T. Ces usages restent prospectifs: le résultat actuel est un atlas de recherche réalisé sur des cellules hors de l'organisme, et non une preuve d'efficacité ou de sécurité chez des patients. Il faudra désormais vérifier les circuits prometteurs chez davantage de donneurs, dans d'autres cellules immunitaires et dans divers contextes pathologiques.
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